什么是 NextSeq?

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本文摘要

NextSeq 是 Illumina 的下一代测序仪 (NGS) 之一,是一种能够获取高通量数据的型号、其特点是能在更短的时间内生成更多的数据。它主要用于大规模分析,如全基因组测序(WGS)、转录组分析(RNA-seq)和外显子组测序。

1. NextSeq 的特点

高产量

NextSeq 提供高通量数据生成,单次运行可生成高达 120 Gb 的数据。这使它适用于需要大量数据的项目,如全基因组分析和大规模 RNA 测序

灵活的吞吐量选项

NextSeq 提供两种卡匣选项。您可以根据项目的规模选择高输出中输出模式,并调整生成的数据量和运行时间。

  • 高输出模式:可生成高达 120 Gb 的数据量和高达 800 M 读数(100 碱基对 (bp) 成对末端读数)。
  • 中间输出模式:产生多达 39 Gb 的数据和多达 260 M 个 100 碱基对配对端读数。

快速分析

与传统的 Illumina 测序仪相比,NextSeq 测序速度极快:一次运行可在一两天内提供分析结果,因此适合时间紧迫的项目。

可延长的导线长度

NextSeq 提供灵活的读取长度,最高可达150 碱基对 (bp)。这使得短读数和长读数都能用于分析。

2. NextSeq 技术

合成测序(SBS)技术

与所有 Illumina 测序仪一样,NextSeq 也采用了合成测序(SBS)技术,在这项技术中,荧光标记的核苷酸被逐个碱基整合到 DNA 中,并实时检测这一过程,从而确定 DNA 的序列。这一过程被实时检测并确定序列。这就实现了高精度和高通量测序。

双通道化学

NextSeq 使用 Illumina 的双通道化学方法,比传统的四通道方法读取碱基的速度更快。双通道化学方法使用两个荧光信号来识别四个不同的碱基,从而加快了测序周期。该系统还提供以下格式。

对端序列

NextSeq 支持成对端测序(双向测序),通过对 DNA 片段的两端进行测序,提高了基因组分析的准确性。这样就能检测复杂的突变,如结构变异、插入和缺失。

集成流动池

NextSeq 使用集成的流动池,对数亿个簇进行并行测序。这样就能同时对大量 DNA 片段进行测序。

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3. NextSeq 的应用

NextSeq 是大中型测序项目的理想选择。它尤其广泛用于需要快速获取大量数据的研究。NextSeq 的主要应用如下。

3.1 全基因组测序(WGS)

NextSeq 用于人类基因组和其他生物体的全基因组测序;一次运行即可分析整个人类基因组,广泛应用于癌症研究、遗传疾病分析和进化研究。

3.2 外显子组测序

NextSeq 还适用于外显子组测序(仅对基因编码区测序),可快速获取与特定疾病和基因变异有关的数据。对于人类外显子组分析,可以同时处理数百个样本。

3.3 转录组分析(RNA-seq)

NextSeq广泛应用 RNA 测序(RNA-seq)进行基因表达分析。这样就能对组织和细胞中表达的基因进行全面研究,并分析与疾病和环境反应相关的表达变异。

3.4 多目标测序

NextSeq 还可用于高通量靶向测序,以全面检测癌症研究和遗传疾病研究中的基因突变。它在分析特定基因组或同时对大量样本进行测序时非常高效。

3.5 微生物基因组分析

NextSeq可用于微生物的全基因组和元基因组分析,适用于分析环境中的各种微生物群落和鉴定传染病病原体。

4. NextSeq 的优势

  1. 吞吐量灵活性:NextSeq 可根据项目规模配置为高或中输出,使您可以灵活地进行小规模靶向分析到大规模全基因组测序。
  2. 短时间内获取大量数据:快速测序过程可在短时间内获取大量序列数据,因此适合时间紧迫的项目。
  3. 友好的用户界面:NextSeq 和所有 Illumina 测序仪一样,拥有直观的软件设计,便于初学者使用。
  4. 高度准确的数据:Illumina SBS 技术和双通道化学技术可提供高度准确可靠的数据。这对于检测复杂的基因组变异尤其有用。

摘要

NextSeq是一款适用于大中型测序项目的新一代测序仪,广泛用于全基因组分析RNA 测序外显子组测序。它广泛用于全基因组分析、RNA 测序和外显子组测序。它们可实现高通量快速数据采集,特别适用于需要大量数据的研究和临床应用。

文章监修者


冈 博史博士

CAP实验室总监

毕业于庆应义塾大学医学部

医学博士

医生