228種類のMedicover Genetics Ltd.の検査所で開発されたキャリアスクリーニング検査です。
ゲノムデオキシリボ核酸(gDNA)を、標準化された方法を用いて抽出し、DNAライブラリー調製の前に機械的フラグメンテーションさせます。
目的のゲノム領域のDNA濃縮は、溶液ベースのハイブリダイゼーション法を用いて行い、次世代シークエンシング(NGS)を配列を決定します。
読み出された配列データを参照ゲノムに参照させ、独自のバイオインフォマティクスパイプラインを用いて変異を同定します。
劣性遺伝は、一塩基変異体、小さな挿入および欠失(≦30塩基)およびコピー数変異(CNV)の同定が可能です。
American College of Medical Genomics and Genomics 3-5の基準に従って変異体は分類されます。
バリアントの分類および解釈は、Varsome Clinicalプラットフォームを用いて実施され、検査時の情報に基づいています。
病原性および病原性の疑いの変異のみが報告されます。検出されるが、意義不明の変異体、良性の変異または良性の可能性がある変異ついては報告されません。
臨床的解釈および結果に関しては遺伝カウンセリングが推奨されます。
A: 常染色体の結果が以下の場合：
A-1:「臨床的に有意な変異体が検出されなかった」
被検者が遺伝性疾患のキャリアではないことを完全に保証するものではありませんが、遺伝子変異が存在しないことを示し、キャリアの可能性が低いと言えます。
A-2:「臨床的に有意な変異体が検出された」
遺伝子変化が同定され、被検者がその疾患のキャリアであることを示します。
その場合には2つ以上の疾患のキャリアとなりえます。
キャリアは通常、疾患の症状を有しません。
しかしながら、二本の染色体の遺伝子がともに異常を示していることもあり、その場合には被検者が現在罹患している、または将来罹患する可能性も否定できません。
B: X連鎖遺伝性疾患の場合：
B-1:「臨床的に有意な変異体が検出されなかった」
遺伝性変異体が存在しないことを示し、被検者が男性の場合罹患していないこと、被検者が女性の場合キャリアの可能性が低いと言えますが、完全に否定するものではありません。
B-2:「臨床的に有意な変異体が検出された」：
遺伝子変化が同定されたことを示します。女性被検者の場合はキャリアである可能性があります。
被検者が男性の場合は、現在罹患しているかまたは将来疾患が発症する可能性があることを示します。
しかし、このパネルの疾患群は重症度が異なるため、臨床的に症状は現れない場合があります。
試験の目的は、すべてのコードエキソン、MANEおよび/または標準転写産物、および隣接するイントロン配列の10bpを標的とすることにより、検出遺伝子に関連するすべての変異体を検出します。
標的領域の外側にある変異体は、このアッセイによって検出されることは意図されていません。
特に断らない限り、プロモーターおよび他の非コード領域における配列変化(SNVおよびINDELS)は、このアッセイでは検出されません。
検出遺伝子の臨床的に重要と考えられる非コード領域における特定の配列変化(SNVおよびINDELS)は分析に含まれます。
遺伝子に2つの変異体が同定された場合、これらが1本の染色体上(シス)にあるのか、別の染色体上(トランス)にあるのかを区別することはできません。
逆位、再編成、倍数性、エピジェネティックな影響などの遺伝子変化は、この検査の対象となりません。
反復配列を含む標的領域における特定の配列変化(SNVおよびINDELS)、分節的重複および偽遺伝子のような高い相同性の配列、ならびに高/低GC含量の領域は検出されないことがあります。
Copy Number Variations(CNV)は重複をさけ、一意に整列した高品質シークエンシングリードを用いて計算されます。
GC含有量の正規化とシークエンシング範囲アプローチの深さを用いて、標的領域のサブセットに対してCNVは検出されます。
検出したcoverageが、参考先から推定されるcoverageから著しく逸脱している場合にCNVの異常を検出します。
CNVの検出は数個のエキソンレベルの分解能まで可能です。
CNVが陽性であった場合には直交法を用いて確認しています。
ほとんどマッピングされていない領域、反復配列、偽遺伝子、高/低GC含量のいずれかを含んでいるゲノム領域では、CNVを検出することはできません。

NGSを用いたCNVの検出は、直交定量法よりも感度/特異度が低いため、報告されたCNVが存在しないからといって、CNVが存在しないことを保証するものではありません。
標的遺伝子に疾患を引き起こす変異体が存在しないという事実は疾患の可能性を減少させますが、疾患関連症候群の可能性を完全に排除するものではありません。
α-サラセミア、脊髄性筋萎縮症および脆弱X症候群は、以下に記載する方法を用いて実施されます。

• ・アルファサラセミア:
  α‐globin(HBA)遺伝子クラスター(HBZ、HBM、HBA2、HBA1およびHBQ1)およびそのHS‐40調節領域の欠失/重複分析を、罹患症例の90%以上をカバーするMRC holland probemix P140を用いて、多重連結依存性増幅(MLPA)により行っています。
  アッセイでは、Constant Spring Mutationの有無も調べます。
  この分析では、アルファグロビン遺伝子の他の変異体や、病気を引き起こす可能性のあるベータグロビン遺伝子の変異体は検出されません。
  特定のブレークポイントまたは大きな欠失/重複は検出されません。
  α遺伝子クラスター内に欠失および重複の両方を有する個体は、正常な数のα-globinコピーを有するように見えることがあります。
  偽陽性および偽陰性は、技術的または希少型のαサラセミアまたは希少な生物学的理由により生じることがあります。
• ・脊髄筋萎縮症:
  SMN1遺伝子のエクソン7および8におけるコピー数変化の検出のために、SALSA MLPA probemix P060を用いてMLPA分析を実施します。
  この検査はまた、SMN1コピー数決定のための解釈補助として、SMN2遺伝子のエクソン7および8におけるコピー数変化を検出します。
  この検査では、de novo突然変異に起因するSMA症例は検出されません。
  SMN1およびSMN2コピーの染色体相は検出されません。この検査では、1つの染色体上に1つ以上のSMN1コピー、もう一方の染色体上に0コピーを有する個体である「サイレントキャリア」は検出されません。
  まれな配列変異、調節領域変異、コピー数変異、イントロン変異、まれな技術的理由、または他の稀な生物学的理由により、偽陽性および偽陰性の結果が生じることがあります。
• ・脆弱X症候群:
  単離されたDNAは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって増幅され、FMR1遺伝子内のCGG反復数を決定します。
  PCR産物は、蛍光標識プライマーを用いて生成され、キャピラリーゲル電気泳動によってサイズ決定されます。
  解釈は、以下の反復配列の反復数に基づきます。
  陰性:<44
  中間:45~54
  突然変異の可能性あり:55~200
  完全突然変異:>200
  サザンブロットは行わないため、200を超えているケースでは正確に検出できない場合があります。
  また、メチル化状態については分析されていません。
  まれな遺伝的変異体、モザイク現象、輸血、骨髄移植、他のまれな分子事象により、偽陽性または偽陰性の結果が生じることがあります。
  劣性遺伝キャリアスクリーニング試験の開発および性能評価は、1998年臨床検査改善法(CLIA)に基づき高度な複雑性を実施する資格を有するMedicover Genetics Ltd.によって実施されました。
  試験 アドバイザーは臨床目的のためのものであり、治験または研究のためではありません。

• ・NM_000383.4 (AIRE): exon 1
• ・NM_000414.4 (HSD17B4): exon 5
• ・NM_001352514.2 (HLCS): exon 1
• ・NM_013339.4 (ALG6): exon 13
• ・NM_014244.5 (ADAMTS2): exon 1
• ・NM_025114.4 (CEP290): exons 5, 23
• ・NM_000233.4 (LHCGR): exon 1
• ・NM_001384140.1 (PCDH15): exons 33, 34, 35
• ・NM_153818.2/NM_002617.4 (PEX10): exon 1
• ・NM_032520.5 (GNPTG): exon 1
• ・NM_000521.4 (HEXB): exon 4
• ・NM_000232.5 (SGCB): exon 1
• ・NM_020533.3 (MCOLN1): exon 1
• ・NM_152419.3 (HGSNAT): exon 1.

バリデーション試験はMedicaver Genetics Ltdによって実施されます。
この検査では、検査された疾患に関連するすべての変異が同定されるわけではありません。
この検査はきわめて正確でありますが、偽陽性または偽陰性の可能性は依然として存在し、技術的または生物学的制限によって引き起こされる可能性があります。
まれな遺伝的変異体、モザイク現象、輸血、骨髄移植、または他のまれな分子事象が含まれます。
検出されない遺伝子変化の中には、罹患している可能性があり、キャリアスクリニーニングテストによって検査されないものもあります。
遺伝子検査は診断プロセスの重要な部分ですが、遺伝子検査は必ずしも決定的な答えを与えるとは限りません。場合によっては、遺伝子変異が存在していても、検査によって遺伝子変異が同定されないこともあります。
これは、現在の医学的知識または検査技術における限界に起因しております。
他の臨床データおよび臨床所見を同時に用いることが推奨されます。
結果結果は、他の臨床所見との関連で常に考慮されるべきものであります。
検査を紹介した臨床医は、追加の遺伝子検査の必要性に関する助言を含め、検査前後のカウンセリングに責任を負います。
その他の診断検査が必要な場合もあります。